COVID-19 menjadi berita utama lagi tahun ini, tetapi diikuti oleh banyak virus lain yang layak diberitakan: adenovirus diduga berada di balik peningkatan kasus hepatitis di awal musim semi, wabah mpox—sebelumnya dikenal sebagai cacar monyet—di musim panas, lonjakan awal virus pernapasan syncytial (RSV), dan puncak kasus influenza setelah musim liburan Thanksgiving. Masing-masing virus ini telah menguji dokter, ahli epidemiologi, dan ahli virologi. Namun para ahli ini telah merespons dengan menggunakan beberapa alat yang dibuat selama pandemi COVID.
Awal tahun 2022 menghadirkan uji coba pertama untuk perangkat kami: sejumlah besar kasus COVID, yang disebabkan oleh munculnya varian Omicron yang sangat mudah menular. Ahli virologi harus memerankan kembali hari-hari awal pandemi: mengidentifikasi jenis, menguji tingkat keparahan penyakitnya, dan memahami kemampuannya untuk keluar dari sistem kekebalan. Vaksin COVID yang tersedia diadu dengan Omicron, dan untungnya, menunjukkan kemanjuran yang baik. Sekarang, studi ini sudah familiar, dan hasil awal dibagikan dengan cepat untuk menginformasikan bagaimana pejabat kesehatan masyarakat di seluruh dunia bertindak untuk melindungi populasi.
Setelah lonjakan awal kasus, pada musim semi tahun 2022, banyak yurisdiksi mulai mengurangi pengujian dan pelacakan COVID. Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit (CDC) mengubah panduannya tentang penutup wajah, sehingga lebih sedikit orang yang memakai masker. Tetap saja, para peneliti terus melacak Omicron dan subvariannya, dan mereka yang telah bekerja dengan cepat untuk memahami jenis terbaru akan mendapatkan sedikit kelonggaran — tahun 2022 memiliki lebih banyak patogen untuk dilemparkan ke mereka.
Pengurutan genom memprediksi penyebaran virus
Pemantauan mutasi adalah alat penangkal virus yang telah digunakan di awal pandemi, karena telah terbukti membantu berkali-kali sebelumnya. Sejak 2008, para peneliti mengurutkan semua jenis virus telah dapat mengunggah seluruh genom ke GISAID, sebuah inisiatif pengawasan sains. Pekerjaan mereka memungkinkan penelitian cepat pada awal pandemi flu H1N1 pada tahun 2009 dan selama epidemi flu burung tahun 2013.
“Ketika virus corona yang tidak diketahui muncul pada Januari 2020, GISAID telah memainkan peran kunci dalam pengawasan influenza selama 12 tahun,” kata Sebastian Maurer-Stroh, direktur eksekutif Institut Bioinformatika di Singapura dan kolaborator GISAID. Rangkaian alat kolaboratif, meskipun dirancang untuk melacak virus flu, telah dibangun sehubungan dengan komunitas riset dan organisasi besar seperti Organisasi Kesehatan Dunia (WHO). Alat-alat ini relatif mudah diadaptasi untuk melacak penyebaran COVID, kata Maurer-Stroh.
[Related: The World Health Organization officially renamed monkeypox to mpox]
Basis data genom SARS-CoV-2 GISAID telah membantu penelitian protein lonjakan patogen, area pada virus yang memengaruhi cara ia memasuki sel kita dan menyebabkan infeksi. Ini juga berarti bahwa negara-negara dapat memantau naik turunnya strain yang berbeda dalam populasi mereka dan membuat perubahan pedoman yang sesuai. Meskipun pengiriman genom SARS-CoV-2 baru mulai menurun pada awal 2022, GISAID dan WHO masih melacak Omicron dan kemunculan subvarian.
Namun pada Mei 2022, peneliti GISAID melihat ada genom baru yang diunggah. Virus hMpxV dan penyakit yang ditimbulkannya, mpox, sudah mewabah di negara-negara di Afrika, namun jarang menyebabkan infeksi di luar benua tersebut. Pengawasan GISAID menunjukkan bahwa ada garis keturunan baru yang menyebar dengan cepat, dan pada bulan Juli virus tersebut sudah ada di 75 negara. Bulan itu, WHO menyatakan wabah itu sebagai darurat kesehatan masyarakat. Kasus terus menurun sejak saat itu, meskipun WHO melaporkan bahwa tujuh negara masih melihat kasus baru. Per 15 Desember, ada lebih dari 80.000 kasus mpox di seluruh dunia.
Limbah satu orang adalah bukti penyakit orang lain
Pada saat yang sama dengan GISAID memantau urutan DNA dari virus mpox, para peneliti menggunakan alat pengawasan lain yang digunakan selama pandemi. Air limbah yang diambil dari Juli hingga Oktober di New York menunjukkan bahwa virus polio beredar di enam dari 13 sampel kabupaten.
Pengambilan sampel air limbah telah mendeteksi COVID di selokan pada April 2020; pada bulan September tahun itu, CDC meluncurkan Sistem Pengawasan Air Limbah Nasional (NWSS) untuk memantau tingkat virus. Dibandingkan dengan pengujian PCR skala besar, pengujian air limbah menawarkan cara yang mudah dan tidak mencolok untuk mengetahui di mana terdapat hotspot aktivitas virus.
“Anda dapat melacak banyak virus di air limbah, dan apa yang kami lihat dengan COVID adalah cara yang lebih mudah untuk melakukan epidemiologi, setidaknya dalam skala gambar yang lebih besar,” kata ahli virologi Michael Teng, dari University of Departemen Kedokteran Molekuler Florida Selatan. Pengawasan air limbah tidak dapat menentukan individu, sehingga tidak akan membantu mengidentifikasi potensi “penyebar super” sebelum mereka menginfeksi orang lain. Tapi itu alat yang hebat bagi ahli virologi untuk melihat tren geografis umum pada tingkat virus.
[Related: Polio is officially circulating in the US again]
Penyebaran virus polio di negara bagian itu “diam-diam”, tetapi menimbulkan ancaman nyata. Kasus polio pada dasarnya tidak ada di AS sejak diperkenalkannya vaksin polio, yang memiliki rata-rata serapan 92 persen pada anak-anak di seluruh negeri — meskipun tingkat vaksinasi beberapa negara serendah 37 persen.
Memerangi virus dengan vaksin
Sebagaimana dibuktikan oleh pandemi, pengambilan vaksin adalah salah satu – jika bukan – alat terbaik untuk menghentikan penyebaran virus. Vaksin COVID melindungi dari infeksi, dan jika Anda terkena penyakit ini, kecil kemungkinan Anda mengalami penyakit parah jika telah divaksinasi.
Jadi, ketika para peneliti memperkirakan tripledemik COVID, flu, dan RSV menuju AS, pesannya jelas: Dapatkan suntikan flu dan penguat COVID Anda. Tetapi dengan tidak adanya vaksin RSV, jumlah kasus dengan cepat meningkat pada anak kecil dan populasi lanjut usia.
“Kami memiliki vaksin COVID dalam waktu sekitar 11 bulan setelah urutan virus pertama keluar dengan baik, tetapi RSV pertama kali diidentifikasi pada tahun 1957, dan sejak itu kami belum benar-benar memiliki vaksin yang baik,” kata Teng, yang berfokus pada patogen pernapasan. . “Tapi salah satu kisah yang sangat menarik untuk tahun ini adalah Pfizer itu [who developed one of the COVID vaccines] bersama dengan GSK mendapatkan hasil yang sangat bagus dalam tes vaksin RSV untuk orang tua.”
[Related: Fighting RSV in babies starts with a mother’s antibodies]
Teng mengatakan pembelian vaksin COVID menyebabkan suntikan modal di perusahaan seperti Pfizer dan Moderna, yang terakhir dapat berinvestasi untuk penelitian yang dimulai jauh sebelum pandemi. Uang ini berarti Moderna dapat bergerak maju dengan beberapa vaksin yang sedang dikembangkan, menurut Teng, termasuk satu untuk HIV.
Elemen penting dalam menangani virus pada tahun 2022 ini—pemantauan genomik, pengawasan air limbah, dan pengembangan vaksin—hanyalah bagian dari perjuangan besar melawan penyakit menular. Tentu saja, masih banyak yang tidak kita ketahui tentang COVID dan virus lainnya, dan kita tidak dapat memprediksi apa yang akan terjadi di tahun 2023. Tetapi para peneliti dipersenjatai dengan lebih banyak informasi tentang penyebaran virus daripada sebelumnya, dan mereka sudah mulai mempraktikkan ajaran pandemi.
